Les principals obres d'Amigó es troben a l'eixample de Badalona, definit en el Pla Pons (1895), a l'entorn de la zona de la Plana del Corb o d'en Tàpies, entre els trams baixos de la riera de Canyet o d'en Folch (l'actual av. Martí Pujol), i la riera d'en Jornet (l'actual carrer Sant Ignasi de Loiola).
En l'avinguda Martí Pujol, a prop de l'estació de tren, es troba la casa Enric Mir (1910), número 45 – 47; la casa León Leprevost (escola Gitanjali) de 1908, número 37 – 41; la casa Pavillard (1906), número 23 – 25 en la cantonada amb el carrer Mossèn Anton, l'obra més completa d'Amigó destinada a ser l'habitatge del gerent de la fàbrica Lorilleux.
En el carrer Mossèn Anton hi ha l'entrada a la biblioteca de can Casacuberta, instal·lada en l'antiga fàbrica de teixits Josep Giró, de 1907 (a partir de 1920, va canviar de nom en comprar-la Salvador Casacuberta), exemple d'arquitectura industrial emprant-se un sistema de columnes i jàsseres de ferro colat realitzades per l'industrial badaloní Fèlix Gallent. L'entrada original es trobava situada al carrer Dos de Maig - on existia un mosaic de l'artista Lluís Brú i Salelles - on ara hi ha uns pisos, però de l'estructura es conserva una part de l'edifici que dóna al carrer Enric Borràs i el mur de tancament al carrer Colom.
La continuació del carrer Mossèn Anton amb el carrer de la Indústria porta a una altra mostra significativa del patrimoni arquitectònic local, obra de Joan Amigó: la fàbrica Gottardo de Andreis, "La Llauna" (1906), en la cantonada dels carrers Sagunt amb Indústria. La visió des de la plaça del Gas, situada enfront de l'edifici reconvertit en seu de l'institut B-4, permet resseguir els detalls decoratius de les façanes (també són molt interessants els mosaics en forma de medalló fets per Lluís Brú i Salelles que es troben en la façana del darrere, al carrer Eduard Maristany, on es visualitza la fàbrica de l'Anís del Mono). En la cantonada dels carrers Sant Ignasi de Loiola i Enric Borràs s'hi troba el temple neogòtic de Sant Josep (1920 – 1928 – 1945), obra tardana de Joan Amigó que contrasta amb una sèrie d'edificis propers d'inspiració modernista que va projectar: la casa Gafarel·lo (1921 – 1923), cantonada carrers Enric Borràs i Dos de Maig, recentment restaurada; la casa Lluís Paquín, i la casa Joan Tolrà amb el taller adossat (seu de la Unió Gimnàstica Esportiva des de 1926) de 1909, al carrer Enric Borràs.
Altres construccions modernistes de Joan Amigó a Badalona són la tomba per a la família Bosch (1907) al cementiri de Sant Crist (cementiri Vell); la casa per al tècnic tèxtil Pau Rodón (1905 – 1907) al carrer Museu, 18; el Col·legi Germans Maristes (1905 – 1907) al carrer Temple, 19; la casa en xamfrà per al fabricant de perfums Pere Busquets (1912) al carrer Temple, 25; la casa per al seu padrastre Jaume Botey i Barriga (actual edifici administratiu de l'Hospital de Badalona), de 1916, al carrer Gaietà Soler, 1; la casa Planas. Santiago Domenech (1917) a l'av. Martí Pujol, 188 – 190; la casa per a l'industrial Francesc Prats (1921 – 1922) al carrer de Mar, 15; les reformes en les farmàcies Surroca (no ha perdurat després d'unes sòbries reformes sota els cànons de l'art decó, el 1931) i Serentill al carrer de Mar; la casa Miquel Badia, "Ca l'Eco" reformada el 1907 per Joan Amigó al carrer Sant Pere.